環境治理中心成立的目的是研究評估環境治理的政策和策略，改善台灣的環境和生活品質，同時致力於推動環境治理政策，實現經濟發展與環境保護的平衡，使台灣走向環境友好的低碳社會。為了解決複雜的環境問題，環境治理中心針對大氣、水體、土壤地下水等各類環境污染問題展開研究，並提供有效環境治理策略。

1. 一、空氣污染預防及治理技術發展

   1. 評析本土化空氣污染預測模式，探討我國空氣污染物特徵。

   2. 探討光化學污染成因及治理策略。

   3. 建構粒狀污染物源解析能力，提供空氣品質治理策略。

   4. 建立本土化污染排放源係數，快速更新污染排放資料庫。

   5. 開發空氣即時檢測技術，解析污染來源。

   6. 空氣污染防制策略績效評估。

2. 二、水域環境污染預防及治理技術發展研究

   1. 評析水污染防治最新技術，提升水污染處理效能。

   2. 研究地下水污染最新整治技術。

   3. 研究新興污染物流布、對水質影響及去除技術。

   4. 發展水體現地監測技術。

   5. 建立水質模式及污染預測研究。

   6. 研究水環境藻毒事件發生之預防。

   7. 研發最新水回收及資源回收技術，提高水資源再利用率。

3. 三、土壤、底泥污染預防及治理技術發展研究

   1. 分析新興污染物背景，評估污染潛勢。

   2. 分析地下水、土壤及底泥調查資料，探討可能污染來源。

   3. 研究最新地下水、土壤及底泥污染預防及治理技術。

   4. 污染場址整治成效驗證。

4. 四、環境流布調查及治理技術發展研究

   1. 調查環境污染物在環境各介質中消長變化及最終宿命。

   2. 研究環境污染物對環境生態影響及治理。

   3. 研究新興合成化學品對環境生態可能衝擊影響。