水域環境預防及治理技術發展旨在保護水體及生態環境，同時達到可持續利用水資源並保障人民健康。透過持續創新和應用所發展技術，以因應日益嚴峻之水資源和水環境挑戰。

研究領域包含：

1. 評析水污染防治最新技術，提升水污染處理效能。
2. 研究地下水污染最新整治技術。
3. 研究新興污染物流布、對水質影響及去除技術。
4. 發展水體現地監測技術。
5. 建立水質模式及污染預測研究。
6. 研究水環境藻毒事件發生之預防。
7. 研發最新水回收及資源回收技術，提高水資源再利用率。