我國環境保護行政體系之發展可分為下列五階段：

第一階段：民國六十年三月十七日以前

• 內政部設衛生司，掌理傳染病防治、地方疾病防治、國際檢疫、環境衛生、保健設施及醫藥管理等事項。經濟部於民國五十八年成立工業局，該局第七組掌理工業廢氣、廢水及公害防治協調等事項。
• 民國三十六年台灣省政府成立，將原有之衛生局擴充改組為衛生處，負責公害防治及環境衛生之改善暨輔導；民國四十四年衛生處設置台灣省環境衛生實驗所，負責飲用水衛生、污水處理、垃圾及水質處理、一般環境衛生、空氣污染、放射線衛生及噪音防治等之調查、研究、督導及示範。
• 台北市於民國五十七年十月將原有之清潔大隊及水肥處理委員會合併，成立環境清潔處，掌理空氣、水污染防治及廢棄物清除處理之業務。公害防治業務則由衛生局負責。
• 各縣市於民國五十一年指定衛生局第二課為主辦環境衛生之業務單位。

第二階段：民國六十年三月十七日至七十一年元月廿八日

• 民國六十年三月行政院衛生署成立，其下設「環境衛生處」，先後由許整備先生、莊進源先生擔任處長。環境衛生處掌理有關公共衛生設施、公共場所及食品加工廠之衛生指導及監督，垃圾、水肥等污物處理之指導及監督；環境衛生殺蟲劑之管理；空氣污染、水污染及噪音等公害之研究、指導及監督等事項。此外，經濟部成立水資源統一規劃委員會，設水污染防治科，掌理水污染防治事項。
• 台灣省除原有衛生處、環境衛生實驗所外，另於民國六十三年在建設廳下成立水污染防治所，掌理污染防治計畫之規劃，擬定水區、水污染規劃及訓練，廢水處理設施之施工、發照、糾紛之處理及執行，廢水處理設施操作之督導、稽查、防治技術之研究等工作。
• 高雄市於六十一年五月合併清潔隊與水肥處理委員會成立高雄市清潔管理所，掌理垃圾清運、水溝清疏等業務，民國六十八年七月因改制院轄市，擴大編制成立環境管理處，掌理環境清潔及公害防治事項。

第三階段：民國七十一年元月二十九日至七十六年八月二十一日

• 民國六十八年四月，行政院通過「台灣地區環境保護方案」，籌劃建立完整的環境保護行政組織體系。民國七十一年元月，行政院衛生署環境衛生處升格為「環境保護局」，由莊進源處長擔任局長，除掌理原環境衛生處之空氣污染及環境衛生業務外，並將原屬經濟部之水污染防治業務及警政署之交通噪音管制業務併入該局統籌掌理，另新增環境影響評估、廢棄物處理及毒性物質管制業務等。其次，基於業務需要，成立南區環境保護監視中心，負責執行全國性與涉及省市間之公害防治業務。莊進源博士於局長任內，積極推動各項落實公害防治業務，奠定環境保護政策及措施基礎，並策劃推動環境保護署之成立。
• 台灣省政府於民國七十二年八月九日將台灣省水污染防治所與環境衛生實驗所合併成立台灣省環境保護局，隸屬台灣省衛生處。
• 台北市與高雄市在民國七十一年七月一日分別將環境清潔處與環境管理處擴大組織，同時改組成立環境保護局。
• 民國七十三年九月起各縣市政府衛生局第二課掌理環境保護事宜。

第四階段：民國七十六年八月二十二日至一百一十二年八月二十一日

• 民國七十六年八月二十二日，行政院衛生署環境保護局升格為「行政院環境保護署」，由簡又新擔任署長，其下設綜合計畫、空氣品質保護及噪音管制、水質保護、廢棄物管理、環境衛生及毒物管理、管制考核及糾紛處理、環境監測及資訊等七業務處。
• 台灣省政府於民國七十七年一月十五日將原環境保護局改制為台灣省環境保護處。民國八十八年七月，配合精省作業，改制為環保署中部辦公室，民國九十一年三月併入環保署，改制為環境督察總隊。
• 各縣市政府則於民國七十七年至八十年間逐步設立環境保護局，強化環保工作基層執行能力。迨民國九十二年元月，連江縣環境保護局成立，全國地方政府均已成立環境保護局，我國環境保護組織大抵完備。

第五階段：民國一百一十二年八月二十二日至今

• 環保署改制為環境部，由前中興大學校長薛富盛擔任部長，同時成立氣候變遷署、資源循環署、化學物質管理署、環境管理署等四個三級機關以及國家環境研究院。為了因應國際淨零排放趨勢及全球環境變遷，政府從「自然資源經營管理」轉變為「積極因應全球環境情勢，創造臺灣轉型機會」，整合事權擴增業務，系統性處理氣候變遷、資源循環、化學物質管理、環境品質管理及強化環境科研等五大環境議題。