爲防治水污染，確保水資源之清潔，維護生態體系，改善生活環境，增進國民健康，本部依據水污染防治法第11條第6項規定設置水污染防治基金，並訂定「水污染防治基金收支保管及運用辦法」。水污基金來源共分4項，如圖1。為妥善管理運用水污基金，本部於104年依法成立水污染防治基金管理會，遴聘有關機關（構）代表、學者、專家及民間團體代表擔任委員，委員任務包括基金收支、保管及運用之審議、基金年度預算及決算之審議、基金運用執行情形之考核等項目。有關水污染防治基金會議相關資訊已公開置於本部網站，可逕行下載參閱。

更多資訊請至基金來源及用途參閱。