水污染防治費規劃分階段徵收，第1階段（104年）徵收事業（不含畜牧業）及工業區專用污水下水道系統，第2階段（106年）徵收畜牧業，第3階段（108年）徵收其他指定地區或場所專用污水下水道系統。除前述事業及污水下水道系統之水污費由中央主管機關(本部)徵收外，地方政府應針對依下水道法公告之下水道使用區域內，未將污水排洩於下水道之家戶徵收其水污費(家戶水污費)。

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