河川的污染來源包括天然以及人為等兩種(如圖1)，天然污染源係指暴雨逕流沖刷屋頂、街道、坡地、溝渠等所帶下的污泥或有機質；而人為污染源則來自人們各種活動及開發所產生者，主要可分為生活污水(包括洗衣水、廚房用水、衛浴用水等)、事業廢水(產品製作過程所產生的廢水)及畜牧廢水(豬、牛、雞、鴨等養殖場所排放之廢水)。

執行河川污染量削減前需先蒐集並調查河川相關的環境資料，並清查其污染來源及量化資料，針對不同污染來源分別研擬相應適用的策略，包括污水下水道接管、現地處理、截流設施、事業稽查管制、污染源頭減量、污染總量管制及畜牧糞尿資源化等。

此外主管機關會依照河川污染現況計算應該削減之污染總量，並評估各項措施所能削減之污染總量，以規劃各項措施執行規模及期程。整治策略擬定完成後會利用水質模式進行模擬，確認措施完成後水質改善程度，並在執行的過程中不斷地進行滾動式檢討，定期討論整治措施執行成效，才可有效的削減河川污染總量。

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