1. 南部環境地區空氣污染雲端智慧查核及預警協作區域治理平台 南區環境管理中心與縣市合作，建立「南部地區空氣污染雲端智慧查核及預警協作平台」進行「平時深耕管制」及「空品不良應變」二大主軸進行空污管制，在「平時深耕管制」部分，結合判煙影像、空污物聯網、空污操作參數等空品數據智慧系統化分析，有效發揮即時預警並查獲高污染潛勢熱區，在「空品不良應變」部分，搭配空污預報模型、空污物聯網及空品監測數據進行預測未來空污惡化熱區，強化熱區空污應變，提前啟動上風縣市空污減量。
2. 二仁溪河道廢棄物清理及環境維護區域治理平台 因早期二仁溪中游流域為國內廢五金回收與提煉工廠的聚集地，相關廢五金透過粉碎、淘選、焚燒及酸洗作業造成二仁溪沿岸污染嚴重，環保署、地方環保局及水利署合作改善二仁溪污染情形，從民國98年迄今已執行5次二仁溪沿岸廢棄物之大量移除作業。為持續維護及改善二仁溪之環境，南區環境管理中心與臺南市及高雄市共同合作，由中央跨部會編列公共建設經費補助地方清理二仁溪廢棄物，跨域解決問題。
3. 南部地區環境衛生登革熱協作平台 依國家蚊媒傳染病防治研究中心監測資料顯示，南部冬季氣溫比往年高，為因應後疫情時代之環境衛生問題，南區環境管理中心於112年起規劃登革熱防治計畫，串起環保機關，管理單位及民眾，透過隨時留意環境衛生的參與及互動，建立夥伴關係，加強民眾衛教宣導、強化社區動員與高風險場域環境巡檢、落實權管場域之環境管理及孳生源清除等各項防治工作，降低疫情發生風險。
4. 南部地區污染潛勢熱區改善行動 南區環境管理中心與縣市合作，建立好夥伴資源共享相互支援平臺，推動南部地區污染潛勢熱區改善行動，以平時深耕管制及空品不良應變主軸，透過布設之空污微型感測器及河川水質監測站等物聯網運作，搭配AI智慧科技分析及科學儀器技術，從空、水面向出發形成整合性熱區管制，共同執行整合性環境管理工作，共創改善與維護南部地區環境品質雙贏局面。
5. 南部地區河川水質管理採流域污染源系統化管理 改善河川水質重金屬偏高問題，維護流域環境品質，以蒐集、溯源、監控、查核及改善等五大執行核心，勾稽比對事業申報資料與許可內容，篩選高潛勢污染事業，與農業部農田水利署跨域合作針對灌溉污染水質溯源，執行高潛勢污染事業排水路水質調查，科技查核執行高潛勢污染關鍵事業監控蒐證及深度查核，與環保局合作移送檢警環查緝違法者，並確認違規者改善。
6. 南部地區環保犯罪案件查緝 以檢警環結盟方式共同查緝跨域性及重大環保犯罪案件，蒐集分析環保犯罪樣態，針對人（行為人、犯罪集團）、事（違規行為）、時（污染期間）、地（污染場址）、物（污染種類、有害健康物質）。藉由統計分析比對，掌控犯罪手法，輔以運用科學儀器遠端監控以掌握事證；並藉由申報資料勾稽分析並進行篩選，以掌握污染來源，揪出不法集團及違法事業改善環境品質。
7. 區域性環保設施管理之執行及督導 一般廢棄物清除處理設施雖屬地方業務，本署督導主管全國性廢棄物清理工作，為加強清除處理設施營運管理，確保設施安全及正常使用，採分層管理以落實督導與提昇設施營運管理效能，內容並包含改善計畫補助審查及執行督導，以及清潔隊部及機具的改善查核及督導執行。