臺灣省政府於民國77年1月15日將原環境保護局改制為臺灣省環境保護處。民國88年7月，配合精省作業，改制為環保署中部辦公室，民國91年3月併入環保署，改制為環境督察總隊，主要辦理一般廢棄物政策之推動、一般廢棄物處理設施之督導、環境污染案件督察及環保犯罪查緝等。另自民國70年起，我國陸續發現工業發展廢水、廢棄物、空氣等未妥善處理所帶來的土壤及地下水污染問題，行政院環境部（前身為環境保護署）乃著手研訂相關法規，於89年2月2日經總統公布「土壤及地下水污染整治法」，成立土壤及地下水污染整治基金。

立法院業於112年5月9日三讀通過「環境部環境管理署組織法」，同年5月22日總統華總一義字第11200043181號令制定公布，環境部環境管理署打破現有組織框架，以「精簡組織」、「增加行政效率」、「建立活力政府」、「落實政策訂定及執行之推動」及「重整現有資源、提升廢棄物處理量能及營造美質環境」等原則，旋於112年8月22日由前行政院環境保護署環境督察總隊與土壤及地下水污染整治基金會合併成立，環境部環境管理署將致力於「導入區域環境治理理念、推動數位科技智能管理、健全垃圾妥善清理、政策法令執行事權統一、建構美質環境宜居城市、落實清潔照護以人為本及土水資源永續經營管理」等作為願景目標。